實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)用于控制提取的核酸/cDNA和基因組DNA的質(zhì)量。為評(píng)估所提取的核糖核酸的質(zhì)量,可建立一種特異性的單拷貝基因系統(tǒng),用以量化基因組當(dāng)量和細(xì)胞數(shù)。而該系統(tǒng)用于對(duì)DNA質(zhì)量控制的概要,使用該系統(tǒng)針對(duì)單拷貝基因,使用ct值來確定某些組織的DNA提取質(zhì)量。超過一定閾值的樣本表明dna已經(jīng)被降解,需要重新獲取,而利用系統(tǒng)可對(duì)偽基因進(jìn)行靶向復(fù)制。
在準(zhǔn)備研磨提取前,我們需要取新鮮的動(dòng)物組織做樣品,剪切成50-100mg左右的濕重,用液氮快速冷凍,在-80℃的低溫冰箱中保存。這些被冷凍的組織在DNA提取前,需被放在深孔板中,然后把深孔板放在干冰上進(jìn)行冷凍。每個(gè)孔中需加入研磨鋼珠和緩沖液,使其凈化溶解。用高通量的研磨儀器將其深孔蓋密封,開始研磨提取。
在50℃下樣品進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng),需加入60微升水,加熱5分鐘至95℃,在冰上進(jìn)行冷卻,使反應(yīng)終止。而樣品提取的DNA質(zhì)量是由ct值決定的,是受內(nèi)源受控的。待超過某一閾值時(shí),樣品質(zhì)量會(huì)受到影響,RNA總降解,需要再次提取備用樣品。通常用該系統(tǒng)來評(píng)DNA的質(zhì)量,其目標(biāo)是具有特定物種的甘油醛-3-磷酸脫氫酶或核糖體基因。
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